退職者のマイナンバーの保管・廃棄

2025.08.01.

2016年から運用が開始されたマイナンバー制度。
社会保障、税制、災害対策など、法令又は条例で定められた事務手続きにおいてマイナンバーが使用されますが、一度収集した従業員のマイナンバーは、従業員の退職後も保管するのでしょうか。

『特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）』を見てみると、
・個人番号は、番号法で限定的に明記された事務を処理するために収集又は保管されるものであるから、それらの事務を行う必要がある場合に限り特定個人情報を保管し続けることができる。また、個人番号が記載された書類等については、所管法令によって一定期間保存が義務付けられているものがあるが、これらの書類等に記載された個人番号については、その期間保管することとなる。
一方、それらの事務を処理する必要がなくなった場合で、所管法令において定められている保存期間を経過した場合には、個人番号をできるだけ速やかに廃棄又は削除しなければならない（…）
とされています。
（第４－３－⑶ 収集・保管制限 ）

つまり、必要があるうち（雇用契約が継続中）は保管し続けることができますが、必要がなくなったら（退職後）マイナンバーは廃棄することが原則、ただし一定期間保存が義務付けられている書類等に記載された個人番号についてはその書類の保存期間はマイナンバーを記載したまま保管しなければならないということになります。
退職日から〇日後に廃棄する、などと決まっているわけではないのです。

マイナンバーが記載され所管法令によって一定期間保存が義務付けられている書類、については雇用保険に関する書類、健康保険に関する書類などがありますが、保管期間が最長のものは税制関係で、「給与所得者の扶養控除等申告書」などの書類はその申告書等の提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年間保存する必要があります。
（所得税法施行規則第七十六条の三）

「給与所得者の扶養控除等申告書」の提出期限はその年最初に給与の支払いを受ける日の前日なので、読み替えると、退職年の8年後の1月11日（ただし翌月払いの給与がある12月退職者については退職年の9年後の1月11日）以降速やかに廃棄する必要があります。
数年前の退職者を管理するのは大変ですが、確実に廃棄するためには社内の運用ルールを整備して毎年、該当者を確認していく対応が望ましいでしょう。

具体的な廃棄手法に関しては前掲ガイドライン別添1に例示があります。
https://www.ppc.go.jp/legal/policy/my_number_guideline_jigyosha/#b0

こちらもご参考に。
国税庁源泉所得税関係に関するFAQ
Q1-19 退社した従業員等のマイナンバー（個人番号）は、退社後すぐに廃棄しなければならないのですか。
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/mynumberinfo/FAQ/gensen_qa.htm

（遠藤）